Nerijos fortą pradėjo statyti Prūsijos karalystės kariai 1864 m. Statybas 1871 m. baigė Vokietijos imperija.

1897–1939 m. statinys buvo perduotas uostui, jame gyveno civiliai. Antro pasaulinio karo metu, fortas buvo susprogdintas, o 1976–1978 m. restauruotas. 1979–aisiais čia įkurtas Lietuvos jūrų muziejus: akvariumas, jūrų gamtos, jūrų paukščių ir žinduolių bei laivybos istorijos ekspozicijos. XIX amžiuje pastatyta jūrų tvirtovė šiandien tarnauja kultūrai.

Nerijos fortas – vienintelis išlikęs XIX a. antros pusės Prūsijos karinio paveldo objektas Lietuvoje. Tai – šešiakampis gynybinis statinys, į kurį patekti galima tik per tiltą, kuris anksčiau būdavo pakeliamas. Šešiakampį pylimą juosia gynybinis griovys, užpiltas vandeniu. Poternose, kaponieriuose, amunicijos ir parako sandėliuose dabar įrengtos įvairios ekspozicijos. Aikštelėse, kur anksčiau stovėjo pabūklai – eksponuojami inkarai. Forto kieme – redutas, gynybinis ir įgulos gyvenamasis pastatas forto kieme buvo cilindro formos, dviejų aukštų, su rūsiais. Redutas turėjo 20 metrų skersmens vidinį kiemą su šuliniu. Statinys buvo susprogdintas Antrojo pasaulinio karo metu, o dabar jo išorinę formą atkartoja akvariumo pastatas.